Aluevaltuustot tulevat päättämään, missä ja miten kansalaisten tarvitsemia sosiaali- ja terveyspaleluita tuotetaan. Vaikka hyvinvointialueet aloittavatkin alusta, tyhjältä pöydältä päätöksiä ei tehdä vaan olemassa olevien sosiaali- ja terveyspalveluiden pohjalta. Käytännössä aluevaltuutetut tulevat päättämään, mitkä terveyskeskukset ja asemat jatkavat, mitkä kenties lakkautetaan ja miten sosiaali- ja terveyskeskukset käytännössä toimivat.
Ennen päätöksiä palveluista aluevaltuustojen on päätettävä hallintoelimistään, missä ja miten päätökset valmistellaan ja miten niiden toteuttamista seurataan ja valvotaan. Aivan ensimmäiseksi aluevaltuustot päättävät hyvinvointialueen strategiasta, hallintosäännöstä sekä talousarviosta ja -suunnitelmasta.
Hyvinvointialueen hallinnon ja talouden rakentamisessa on olennaista se, kenen näkökulmasta palveluita katsotaan: onko keskiössä palveluiden käyttäjä ja hänen palvelutarpeensa. Vaikka periaatteessa hyvinvointialueet päättävät itse palveluista, niin käytännössä päätöksenteon rajat asettaa valtio, jonka budjetista alueen toimintamenot katetaan. Onkin mahdollista, että valtio ohjaa euroin tulevia hyvinvointialueita tiukemmin kuin se on aiemmin ohjannut säädöksillä ja valtionavuilla.
Hallintosäännöstä päättäessään aluevaltuustot määräävät, miten päätöksiä valmistellaan ja miten niiden toteutumista valvotaan. Lain määräämiä hyvinvointialueiden toimielimiä ovat aluevaltuusto, aluehallitus ja tarkastuslautakunta, lisäksi kaksikielisillä alueilla on kansalliskielilautakunta ja Lapissa saamen kielen lautakunta. Halutessaan aluevaltuusto voi asettaa lautakuntia ja johtokuntia sekä niiden jaostoja. Aluehallitus puolestaan asettaa nuorisovaltuuston sekä vanhus- ja vammaisneuvostot.
Kansalaiset valitsevat aluevaltuutetut aluevaaleissa tammikuussa. Muiden toimielimien jäsenet valitsee aluevaltuusto. Valintoja valmistellaan sekä aluevaltuuston puolueryhmissä että puolueiden piirijärjestöissä. Kuntavaalien jälkeen käydyistä, maakunnallisten tehtävien paikkaneuvotteluista huolimatta puoluepiirit ovat aluevaalien jälkeen uuden edessä. Edes sitä, miten paljon ja millaisia luottamustehtäviä on jaettavaksi, ei tiedetä. Puolueiden valtuutettujen määrät on vain yksi ulottuvuus, joka neuvotteluja ohjaa. Pirkanmaan hyvinvointialueella on syytä olla tuntumaa myös alueen joka kolkkaan.
Valintojen periaatteista sovitaan paitsi puolueiden välillä myös puolueiden sisällä. Vasemmistoliitossa henkilövalintoihin on vaikuttanut luottamustehtävään ehdolla olevan luottamustehtävätoive, äänimäärä ja asiantuntemus. Lisäksi periaatteena on ollut kierrättää luottamustehtäviä. Vain poikkeustapauksessa henkilö on voitu valita kahta toimikautta pidemmäksi ajaksi samaan tehtävään. Keskeisenä periaatteena on ollut jakaa luottamustehtäviä tasapuolisesti ehdolla olleille ja siksi lähtökohtana onkin ollut yksi luottamustehtävä henkilöä kohden. Pirkanmaan vasemmistoliiton piirihallitus hyväksyi marraskuun kokouksessaan hyväksymät henkilövalintojen periaatteet noudattavat aiempia käytäntöjä. Periaatteisiin on kirjattu myös kaksoisroolikielto.